O Código Florestal (Lei nº12.651/2012) é o principal instrumento de política pública para a proteção da vegetação nativa dentro de terras privadas em todo o território brasileiro. Ao definir regras para o uso do solo, ele impõe aos proprietários e possuidores rurais a obrigação de preservar parte da vegetação nativa dentro de suas terras por meio de dois principais instrumentos de conservação, as Áreas de Preservação Permanente (APP) e a Reserva Legal. APPs são áreas consideradas críticas para a preservação de serviços ambientais essenciais, enquanto a Reserva Legal é uma área dentro do imóvel rural que deve ser obrigatoriamente mantida com cobertura de vegetação nativa, visando a conservação da biodiversidade e de remanescentes de vegetação nativa em todo o país.

Nestas áreas não é permitido o uso alternativo do solo, com exceção de obras consideradas de utilidade pública ou interesse social. Além disso, qualquer supressão de vegetação nativa fora de APP e Reserva Legal deve ser precedida de autorização do órgão ambiental competente. Assim, o Código é a lei que estabelece as regras de preservação (comando) que serão usadas pelas autoridades na fiscalização do desmatamento ilegal, impondo as sanções previstas (controle). 

Em especial, o art. 51 do Capítulo XI do Código trata do controle do desmatamento. A lei dispõe que o órgão ambiental competente deve embargar a atividade que deu causa ao desmatamento ilegal como medida administrativa voltada a impedir a continuidade do dano ambiental, propiciar a regeneração do meio ambiente e dar viabilidade à recuperação da área degradada.

Além disso, o Código Florestal criou o Cadastro Ambiental Rural (CAR), um registro nacional, digital, público e mandatório que armazena e integra informações ambientais de imóveis rurais do Brasil. O CAR foi concebido como um instrumento de controle, monitoramento, planejamento ambiental e econômico e combate ao desmatamento, sendo, assim, um importante mecanismo de monitoramento e combate ao desmatamento em áreas privadas. 

Comando e controle são, portanto, essenciais para o combate do desmatamento no Brasil, especialmente na Amazônia. Como o Código estabelece regras de conservação mais elevadas para o bioma, a maior parte do desmatamento na Amazônia é ilegal. Dessa maneira, implementar efetivamente o Código Florestal e combater o desmatamento na Amazônia são ações fundamentais para a conservação da maior floresta tropical do mundo.