Análise dos pesquisadores do Climate Policy Initiative/Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (CPI/PUC-Rio) mostra que a construção da Ferrogrão incentivará agricultores e pecuaristas localizados no estado do Mato Grosso a ampliarem a produção, aumentando a demanda por terras. Caso nenhuma medida de mitigação seja implementada, isso pode induzir o desmatamento de cerca 2.043 quilômetros quadrados de vegetação nativa em quase quarenta municípios desse estado. As emissões de carbono decorrentes do desmatamento têm custo de cerca US$ 1,9 bilhão se considerarmos um preço de US$ 25/tCO2e. Somente esse custo ambiental corresponde a cerca de 60% do custo previsto de implementação da ferrovia.